6. Akhir Peziarahan di Dunia
Antara tanggal 15 Agustus dan 29 September 1224 Fransiskus berada di La Verna, selama masa doa dan puasa yang ia sebut “masa puasa Santo Mikael”. Pada saat inilah, mungkin saat pesta Peninggian Salib 14 September, Fransiskus mendapatkan penglihatan mistik malaikat serafim yang tersalib dan ia menerima kelima luka kudus Kristus pada tubuhnya. Peristiwa ini dikemudian hari terdokumentasi dengan baik pada riwayat hidup yang ditulis oleh Thomas dari Celano demikian pula melalui lukisan-lukisan yang dibuat pada masa itu. Setelah akhir periode retret ini ia kembali ke Porziuncola, melewati Borgo San Sepolcro, Monte Casale dan Città Castello. Walaupun ia lemah dan sangat sakit, menunggang seekor keledai, Fransiskus berkotbah di Umbria selama musim dingin 1224-1225.
Tahun 1225 merupakan awal dari saat-saat terakhir sakit yang dideritanya. Dia menjadi buta, dan pada musim panas ia dibawa ke San Damiano untuk dirawat secara lebih teliti oleh para saudari miskin Klara. Saudara Elias mendesak agar Fransiskus mendapatkan perawat medis, namun perawatan itu tertunda. Di San Damiano, setelah melewati malam yang sangat berat baginya, Fransiskus menyusun Kidung Saudara Matahari, atau Pujian Kepada Segala Makhluk. Pada bagian akhir kidung itu ia menambahkan bagian tentang pengampunan, setelah ia mendamaikan uskup dan podestà di Assisi. Dan menjelang kematiannya ia menambahkan bagian tentang Saudari Maut.
Di Bulan Juli 1225 Fransiskus setuju untuk pergi ke Rieti, untuk mendapatkan perawatan medis dari para dokter kepausan. Di Rieti dia disambut oleh Kardinal Hugolino dan dewan kepausan. Kemudian ia melanjutkan ke Fontecolombo untuk, atas desakan saudara Elias, menjalani operasi pelipis matanya yang kian memburuk. Operasi ini akhirnya gagal, mata Fransiskus tetap buta. Bulan September 1225 dia dipindahkan ke San Fabiano della Foresta, dekat Rieti, untuk mendapatkan perawatan lebih lengkap. Melalui doa-doanya, kebun anggur milik imam miskin yang menjaga gereja San Fabiano menghasilkan buah-buah yang berlimpah, walaupun kebun anggur itu terinjak-injak oleh orang-orang yang mengunjungi Fransiskus.
Tahun 1226 adalah tahun yang terakhir baginya. Pada musim panas ia dibawa ke Siena untuk perawatan. Pada satu malam saat ia mengalami penderitaan yang mendalam, ia mendiktekan beberapa kata perpisahan yang dikemudian hari dikenal sebagai Wasiat Siena. Kemudian ia dipindahkan ke pertapaan Celle di Cortona, dimana ia mendiktekan Wasiatnya yang terakhir.
Pada musim panas 1226 Fransiskus berada di Bagnara, bukit dekat Nocera. Kondisinya semakin memburuk, dan ia dibawa ke tempat kediaman uskup di Assisi. Dia tahu bahwa “saudari maut” sudah dekat. Maka ia meminta agar dibawa ke Porziuncola pada bulan September. Uskup Guido pada saat itu sedang pergi ziarah ke Monte Gargano. Pada perjalan menuju Porziuncola, Fransiskus memberkati kota kelahirannya itu.
Pada hari Sabtu 3 Oktober 1226, saat matahari terbenam, Fransiskus meninggal di Porziuncola, setelah ia meminta para saudara membacakannya kisah sengsara Kristus menurut Injil Yohanes, dan mendoakan Mazmur 141. Hari Minggu 4 Oktober iring-iringan pemakaman membawa jenazah Fransiskus ke kota Assisi, dan melewati San Damiano agar Klara dan para saudarinya bisa melihat bapa rohaninya untuk terakhir kali. Fransiskus dikuburkan di dalam gereja San Giorgio, tempat dimana pada masa kecil ia mendapat pendidikan sekolah. Saudara Elias sebagai vikarius mengumumkan wafatnya Fransiskus kepada Ordo melalui surat berantai.
Pada 19 Maret 1227 Kardinal Hugolino terpilih sebagai Paus dan mengambil nama Gregorius IX. Salah satu tugas awalnya adalah mengusahakan beberapa hal untuk menghormati “sang miskin” dari Assisi. Pada 30 Mei 1227 Giovanni Parenti terpilih sebagai Minister General Ordo pada Kapitel Pentekosta.
Pada tanggal 29 April 1228, melalui bula kepausan “Recolentes”, Gregorius IX memutuskan untuk membangun “specialis ecclesia”, sebuah gereja khusus, untuk menghormati Fransiskus. Tanggal 16 Juli ia secara pribadi datang ke Assisi untuk mengkanonisasi Fransiskus. Bula “Mira circa nos” tanggal 19 Juli menyatakan Fransiskus dari Assisi adalah orang kudus dan menetapkan pestanya pada tanggal 4 Oktober. Pada saat itu juga Gregorius IX meletakkan batu pondasi untuk pembangunan basilika yang diperintahkannya agar dibangun di atas “collis inferni”, pada bagian barat kota, yang kemudian namanya diganti menjadi “collis paradisi”. Tiga gereja dibangun dalam waktu cukup lama, dibawah arahan Saudara Elias. Basilika itu terdiri dari makam sang santo, dan dua basilika bersusun, yaitu gereja makam dan gereja monastik. Gereja makam siap digunakan untuk pesta meriah pemindahan relikwi Santo Fransiskus pada tanggal 25 Mei 1230.
Tahun 1939 Santo Fransiskus dinyatakan sebagai pelindung Italia dan di tahun 1980 ia diangkat sebagai pelindung ekologi oleh Paus Yohanes Paulus II.